Что вы используете, чтобы установить фокус на TextBox?Кажется, что любой метод, который вы используете, не запускается после обновления UpdatePanel.У меня были другие проблемы с javascript, не применяемым к элементам в UpdatePanel.
Убедитесь, что ваш js, который меняет фокус, срабатывает после обновления UpdatePanel, чтобы фокус вернулся в TextBox.