Если вы просто используете CMS, не понимая, как она работает, вы ограничены тем, что CMS будет делать «из коробки» или с плагинами. У вас будет мало возможностей для настройки, и вы не сможете что-то исправить, если что-то сломается.
Это действительно зависит от того, чего вы хотите достичь. Если CMS делает все, что вам нужно, то вы, вероятно, можете сойти с рук, просто используя ее из коробки.
(А теперь я буду сопротивляться желанию начать языковую войну и просто скажу, что есть другие языки помимо PHP и Java).