Вы должны вычесть интервал:
SELECT COUNT(*) AS Count
FROM visitors_counter
WHERE TimeStamp > NOW() - INTERVAL 15 MINUTE;
Я заменил COUNT (CounterId) на COUNT (*), потому что последний работает быстрее, если CounterId не может быть нулевым. Если это возможно, просто замените * на CounterId.
P.S. Я не считаю метку времени хорошим именем столбца, потому что это ключевое слово. Конечно, он работает правильно, но может быть «лучше» заменить его чем-то другим.