То, что у вас есть, по сути работает, вы просто не выводите его. Это выведет то, что вы хотите:
awk '{print ($1 - 1280449530) " " $2}' file
Вы также можете быть немного умнее и не жестко задавать величину сдвига:
awk '{
if(NR == 1) {
shift = $1
}
print ($1 - shift) " " $2
}' file