В Java API это что-то вроде:
IInterpreterManager manager = PydevPlugin.getPythonInterpreterManager(true);
manager.setInfos(exesList, interpreterNamesToRestore, monitor);
exesList - это список org.python.pydev.ui.pythonpathconf.InterpreterInfo
и interpreterNamesToRestore
список интерпретаторов, которые были изменены (т. Е. Должен быть восстановлен путь pythonpath).
Возможно, вы могли бы сделать это из Jython, но PyDev не предоставляет хуков, где вы могли бы это сделать (то есть: он предоставляет только хуки для настройки редактора), поэтому лучшим решением сейчас будет создание простой плагин Eclipse, который имел EarlyStartup для выполнения желаемой конфигурации (должен быть простым).