Subversion имеет слабую связь с файлами. Для файлов внутри папки вы можете легко получить / обновить, внести значительные изменения (включая удаление, замену или добавление файлов), а затем зафиксировать различия. Такое поведение на уровне файлов типично для Subversion.
Каталоги немного отличаются. Subversion хранит информацию о хранилище на уровне папок. Таким образом, если вы создадите новую папку, она не будет автоматически подключаться к Subversion. (Используя что-то вроде TortoiseSvn, он позаботится о многом за вас.)
Если вы собираетесь добавлять и удалять каталоги во время процесса генерации, у вас будут некоторые проблемы, отличные от самих файлов. Но вы все равно можете достичь своей цели с помощью командной строки, SharpSvn, TortoiseSvn или других подобных инструментов.