Если вы взяли последнюю версию Flot, документация неверна.Если вы хотите построить график с правой стороны, замените yaxis на yaxis2 в вашем объекте данных.
Вот как вы должны указать объект серии:
series: [ { label: "Foo", yaxis: 2, data: [ [10, 1], [17, -14], [30, 5] ] } ]
Я столкнулсята же проблема, и пришлось посмотреть на код Flot, чтобы понять это.