С точки зрения развития:
Если вы используете NetBeans, то я думаю, что самым простым для интеграции будет GlassFish, просто потому, что они получены от Sun, и вы получите лучший опыт из коробки .Хотя это и не обязательно, в руководстве по Java EE от Sun также подчеркивается использование NetBeans с GlassFish.
Тем не менее, если вам случится использовать JBoss, его будет не сложно интегрировать в NetBeans.