ApplicationControlBar - это, по сути, HBox с политиками прокрутки, установленными на false, и прозрачным фоном. Единственная другая функция, которую он предлагает, - это возможность стыковки. Из Livedocs:
Прикрепленный режим: панель всегда находится в верхней части области рисования приложения и становится частью хрома приложения. Все полосы прокрутки уровня приложения не применяются к компоненту, поэтому он всегда остается в верхней части видимой области, а полоса расширяется, чтобы заполнить ширину приложения. Чтобы создать закрепленную панель, установите для свойства dock значение true.
Если вы посмотрите на источник для ApplicationControlBar и Application.dockControlBar, то увидите, что когда docked = true, панель добавляется к rawChildren вместо дочерних элементов, что позволяет ей "игнорировать" полосы прокрутки и тому подобное.