Вы можете взглянуть на ЗАГРУЗКА ДАННЫХ INFILE в MySQL.
Возможно, вы сможете выполнить манипуляции после загрузки данных в MySQL, а не сначала читать их в PHP. Сначала сохраните необработанные данные во временной таблице, используя LOAD DATA INFILE, а затем преобразуйте данные в таблицу назначения, используя следующую инструкцию:
INSERT INTO targettable (x, y, z)
SELECT foo(x), bar(y), z
FROM temptable