MDI имеет свои применения, но, как вы обнаружили, может легко привести к беспорядочному, сложному в использовании интерфейсу. В настоящее время популярным способом решения этой проблемы является добавление элемента управления вкладками (как в любом веб-браузере или большинстве текстовых редакторов / IDE), позволяющего переключаться между открытыми представлениями. Я думаю, это близко к панели задач.
Другими параметрами являются элементы управления, такие как панель Outlook (выбор большого представления в левой части Outlook) или, возможно, просто простое поле со списком с открытыми в настоящее время представлениями.
В качестве альтернативы, подумайте, как часто вы действительно хотите иметь несколько окон, и являются ли большинство из них «окнами инструментов». Если это так, возможно, обратите внимание на использование стыковочных окон для этих окон инструментов и интерфейса с одним документом для остальной части приложения. Все зависит от того, что вы на самом деле делаете!