Есть ли способ преобразовать строковое представление регулярного выражения в автомат с Java?
Вы имеете в виду что-то вроде этого?
Pattern p = Pattern.compile("a*b"); Matcher m = p.matcher("aaaaab"); boolean b = m.matches();
Подробнее см. На http://download.oracle.com/javase/1.5.0/docs/api/java/util/regex/Pattern.html