Можно ли встроить объект ActiveXObject (в данном случае 3DVia Viewer) в приложение AIR и связаться с ним?
Да. Это возможно.
Вы должны вызывать функции Javascript из Air в вашем браузере / IExplore и вызывать ActiveXObject из Javascript. По крайней мере, так я бы сделал.