Для вашего первого вопроса я бы предложил поместить метод обновления в MyClass. Похоже, вы можете создавать экземпляры нескольких копий одного и того же объекта, и, возможно, лучшим решением было бы обновить исходные объекты MyClass напрямую через их методы обновления.
Это также даст вам дополнительное преимущество, заключающееся в возможности обновления отдельных объектов в будущем и должно быть более легким в обслуживании.
Ваш второй вопрос звучит так, как будто MyClass содержит данные из базы данных, что делает его объектом-сущностью. Объекты Entity не должны содержать бизнес-логику, поэтому я думаю, что все будет в порядке, если класс Service использует XMLReader для выполнения операций с данными, а затем использует методы получения / установки для манипулирования данными в объекте. То же, что и раньше, имеет то преимущество, что ваш код свободно связан и более удобен в обслуживании.