Вы можете использовать язык сценариев, чтобы убрать ведущий ECHO и завершающий >> test.txt с небольшим регулярным выражением
вот пример на python:
>>> import re
>>> text = 'ECHO A41,35,0,a,1,1,N,"Mr ZACHARY KAPLAN">> test.txt'
>>> re.sub( r"ECHO\s*(.*?)>>\s*test.txt", r"\1", text )
'A41,35,0,a,1,1,N,"Mr ZACHARY KAPLAN"'
сделать это для всех строк в файле:
import re
f = open("input.bat")
of = open("output.txt", "w" )
for line in f:
of.write( re.sub( r"ECHO\s*(.*?)>>\s*test.txt", r"\1", line ) )
Я не проверял этот код ...