Если вы хотите, чтобы Emacs автоматически заполнял комментарии, вы не должны делать comment-auto-fill-only-comments локальной переменной:
(setq comment-auto-fill-only-comments t)
Если вы хотите это только в каком-то режиме, но не во всехнеобходимо добавить его к правильному хуку:
(add-hook 'ruby-mode-hook
(lambda () ((set (make-local-variable 'comment-auto-fill-only-comments) t)))
ОБНОВЛЕНИЕ ответа
Чтобы удалить автозаполнение из текстового режима, необходимо использовать хук:
(add-hook 'text-mode-hook
(lambda () (auto-fill-mode -1)))
Обратите внимание, что это также изменит состояние автозаполнения в режиме вывода из текстового режима (один из примеров - латексный режим, есть много других таких режимов)