Swing - это кроссплатформенный графический интерфейс.По умолчанию он визуализируется с помощью внешнего вида, который больше всего напоминает платформу, на которой он работает.Есть внешний вид GTK, Motif и Windows, а также кроссплатформенные темы, такие как Metal & Nimbus.
В Linux по умолчанию будет использоваться тема GTK, если у вас установлен gtk 2.2.В вашей системе может быть, что тема GTK для root отличается от обычной для пользователя, и ваше приложение Swing отражает это.Или может случиться так, что он не может правильно определить GTK в корне и по умолчанию использует Motif.
Попробуйте войти в систему как root и посмотреть, является ли тема рабочего стола одинаковой или другой.Попробуйте запустить приложение и посмотреть, отражает ли оно тему рабочего стола или является чем-то совершенно другим.