Drupal сопоставляет имя домена, запрошенное через HTTP, с именем папки внутри сайтов. Если он не совпадает с чем-либо, он вернется к значению «по умолчанию». Поэтому вам нужно назвать папку mydomain.com.
Вы определенно можете использовать символическую ссылку с mydomain.com -> mydomain, если ваш Apache (или другой HTTPd) настроен для разрешения символических ссылок.