У меня на сервере работают и PHP, и Java, но с другим подходом.У меня Apache работает с интерпретатором PHP, а затем Tomcat работает отдельно.Я использую mod_jk для создания vhost для tomcat и, очевидно, обычного vhost для php.
Это означает, что у вас должны быть java и php, работающие в разных доменах или поддоменах, но они могут быть установлены на одном сервере.