Ваши вопросы говорят о том, что вы не понимаете, что к чему.
Seam - это инфраструктура для создания веб-приложений на Java.
JBoss AS - сервер приложений Java EE.
Tomcat - это контейнер сервлетов Java.
Вы можете запускать Seam на JBoss или Tomcat.
Поскольку JBoss является полным EE-приложением.Сервер, вы получаете определенные функции, такие как Enterprise Java Beans, из коробки с JBoss.
С Tomcat вы этого не делаете, но это обычно не представляет большой проблемы, так как, например, Spring Framework может заменить Java EE, если вам нужна эта функциональность.
Неважно, что вы используете, так как большая часть вашей системы, вероятно, будет закодирована в серверной части (Java на стороне сервера).
Если вы хотите минимальное количество хлопот при использовании Seam, я бы рекомендовал использовать JBoss, поскольку эта компания сделала Seam.