Это означает, что у вас есть УНИКАЛЬНЫЙ или ПЕРВИЧНЫЙ индекс в таблице, и в одном из значений, которые будут вставлены в один из этих индексов, есть дублирующее значение.
Вам нужно посмотреть, какая именно операция вызвала эту ошибку, чтобы выяснить, какую таблицу и какую строку она пыталась записать. Надеюсь, phpMyAdmin должен сообщить вам, какой ряд данных вызвал проблему, не так ли?
Можно предположить, что вы импортируете данные, которые дублируют некоторые данные, уже находящиеся в таблице, т.е. вы, возможно, не удалили существующие данные, как вы думали. Но это может быть любое количество вещей.