Войдите в командную строку MySQL и используйте регистратор запросов или медленный регистратор запросов. Это не то же самое, что профилировщик, но в значительной степени выполняет ту же функцию. Вот начальный совет.
mysql> SET GLOBAL log_output='TABLE';
mysql> SET GLOBAL slow_query_log=1;
...wait...
mysql> USE mysql;
mysql> select * from slow_log order by query_time desc;
ПОЖАЛУЙСТА, не забудьте выключить его, когда вы закончите. Также помните, что запись в таблицу намного медленнее, чем в файл, но, конечно, гораздо удобнее.