Я бы посоветовал вам решить эту проблему как проблему контроля версий. Создайте свои классы, затем измените их, как вам нужно. Проверьте результаты в системе контроля версий, как только вы будете довольны. Когда схема базы данных изменится, обновите классы. Им не хватит ваших модификаций, но это нормально. Теперь синхронизируйте свою локальную копию кода с тем, что находится в системе контроля версий: вы увидите два вида исходящих изменений: изменения, внесенные для отражения изменений в схеме, и удаления ваших изменений (потому что они были переопределены вслепую). Используйте свой инструмент управления исходным кодом, чтобы отбросить последние изменения и сохранить прежние; по сути, вы объединяете новую сгенерированную версию со старой измененной версией и сохраняете нужные биты из обоих.
Я не использую NetBeans, поэтому не могу подробно описать, как это сделать. В Eclipse это просто: регенерируйте, выберите все, Team> Synchronize, затем пройдите и «копируйте текущие изменения справа налево» куда вам нужно.