Я предполагаю, что вы имеете в виду не во время загрузки (для этого вам нужно написать службу драйверов), а при запуске системы в пользовательском режиме.
Если ваш процесс несложный, вы можете просто настроить его как запланированное задание - с триггером, настроенным на запуск системы. Если ему нужно больше взаимодействовать с системой, то есть нужно сделать паузу, отключить его, предупредить о системных событиях, таких как события питания или выключения и т. Д., Тогда вам, вероятно, следует обратить внимание на преобразование его в службу Win32.
Если вам нужно преобразовать в службу, начните читать здесь , а затем продолжайте читать что-то вроде книг Рихтера или Миллера , пока вы действительно не поймете, что вы делают. Затем напишите заявку на обслуживание.