Вы можете получить исходный пакет из репозитория ubuntu:
mkdir ~/ffmpeg
cd ~/ffmpeg
apt-get source ffmpeg
Установить пакеты, необходимые для компиляции этого пакета:
sudo apt-get build-dep ffmpeg
Изменить собственные флаги конфигурации:
cd */
vi debian/confflags
Затем скомпилируйте измененный пакет с помощью команды:
dpkg-buildpackage -us -uc
Теперь у вас должен быть пакет .deb, который вы можете установить с помощью
sudo gdebi ffmpeg*.deb