Заменить ^/file0([12])/
на /file0\1-\1/
Обновление: для любого количества цифр следующий файл:
Заменить ^/file([0-9]+)/
на /file\1-\1/
Обновление-2: для любого числа /file-01
Заменить /file([0-9]+)
на /file\1-\1
^
соответствует началу строки и, следовательно, ваше регулярное выражение не соответствует второму file01
- просто избавьтесь от него.