Очень часто это проблема DNS с обратным поиском.
Когда вы подключаетесь к MySQL, MySQL попытается определить имя хоста для IP, который только что подключился к нему. Если MySQL не может связаться с DNS-сервером для этого, существует тайм-аут 5 с.
Попробуйте запустить MySQL с
[mysqld]
skip-name-resolve
в файле my.ini и посмотрите, исчезнет ли проблема. Обратите внимание, что установка этого параметра подразумевает, что вы создаете пользовательские права только с IP-номерами («GRANT ALL TO USER@10.1.1.1 ...») вместо использования доменных имен.
Если эта опция решает проблему, приведите ваш DNS в порядок, и вы можете удалить эту опцию.