Вам нужно использовать плагин paste и выполнить некоторую предварительную фильтрацию при выполнении copy + paste в редакторе.
Используйте параметр paste_preprocess в вашей инициализации, используя здесь свой собственный механизм очистки:
paste_preprocess : function(pl, o) {
o.content = custom_function_modify(o.content);
},