От: http://orgmode.org/manual/External-links.html#External-links
file:sometextfile::NNN file with line number to jump to
file:projects.org another Org file
file:projects.org::some words text search in Org file
file:projects.org::*task title heading search in Org file
Редактировать: Лучше использовать свойство "CUSTOM_ID", например
file1.org
-------------
* Section
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: my_section_link_id
:END:
Затем в file2.org, где вы хотитессылка на file1.org:Section
* Sectoin In File2
- Link to [[file:file1::my_section_link_id][Section]] in File1
Я думаю, что есть ошибка в orgmode 7.4, где, если вы используете "file: file1 :: # my_section_link_id", он генерирует неправильную ссылку html, но правильную ссылку org.Если вы используете «file: file1 :: my_section_link_id», генерируется правильная ссылка html, но неверная ссылка org.