Какие поля должны быть проиндексированы, чтобы ускорить следующий запрос?
SELECT * FROM sms_report WHERE R_uid = '159' AND R_show = '1' ORDER BY R_timestamp DESC , R_numbers
Основываясь на этой информации, составной индекс (R_uid, R_show) должен быть хорошим.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/multiple-column-indexes.html
Чтобы иметь возможность рассказать что-то еще, вам нужно показать нам результаты EXPLAIN
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/explain.html
и укажите, какой механизм хранения используется.