Как говорит le dorfier, это зависит от плана выполнения, который SQL определяет во время выполнения. Я бы посоветовал настроить perfmon для отслеживания сканирования таблиц или оставить запущенным sql profiler после того, как вы отмените фильтрацию индекса для имен столбцов, которые вы индексируете. Ищите долго выполняющиеся запросы.