В вашем php.ini должен быть параметр "auto_detect_line_endings", который обычно имеет значение "Off". Изменяя его, следует решить проблему на месте.
Если это невозможно для вас, вы можете удалить ненужные символы после загрузки введенного вами документа. Функция php str_replace () делает это немного быстрее, чем регулярное выражение, поэтому я бы порекомендовал это для вашего случая:
$mystring = str_replace(chr(10), "", $mystring); //remove carriage returns
$mystring = str_replace(chr(13), "", $mystring); //remove carriage returns
Я уверен, что где-то в библиотеке DOM / LIBXML есть более эффективное решение, но я не исследовал его.