Мне нужно увидеть код. но сначала вы делаете
\begin{thebibliography}{}
\input{publications.bbl}
\end{thebibliography}
Это то, что у вас есть? На самом деле, попробуйте это и посмотрите, если вы все еще получаете «ошибку»:
\begin{thebibliography}{}
\bibitem{ano05}
A. Nonymous et al.\ 2005, \aap 123, 456\\[-20pt]
\bibitem{oe04}
A.N. Other \& S.O.M. Ebody 2004, \pasp 123, 456\\[-20pt]
\end{thebibliography}