Вы должны документировать все «настройки» конфигурации для всех ваших инструментов, и эти документы должны быть проверены в системе контроля версий. Для инструментов с конфигурациями текстовых файлов, которые позволяют комментарии, вы можете просто проверить в файле конфигурации. Но для инструментов, которые требуют использования интерфейса, у вас должен быть полный документ с изображениями диалоговых окон, показывающих, какие варианты выбраны.
Самое главное, что в этих документах должно быть указано, ПОЧЕМУ вы установили выбранные значения (если не принимать значения по умолчанию).
Во-вторых, в качестве резервной копии те же документы должны быть включены в программное обеспечение для отслеживания ошибок в разделе «Как настроить программное обеспечение для контроля версий?» ошибка. (База данных отслеживания ошибок расположена на другом физическом сервере, верно?)
В-третьих, все это должно быть зарезервировано за пределами сайта. Я уверен, что есть вопрос о стратегии резервного копирования.