Лично я группирую код javascript в файлы, которые имеют смысл, а затем включаю их на страницах, которые этого требуют. Например, если у вас есть код, который вызывается на большинстве страниц, я бы включил его в application.js. Но если у меня есть код, который включен только на моих страницах контроллера пользователя, я бы создал файл user.js и включил его только на этих страницах. Делая это, код организован таким образом, что мне легко поддерживать. Для этого могут быть некоторые компромиссы в производительности, но в моем случае ремонтопригодность важнее.