Если вы хотите небольшое изменение, возможно, используйте директиву #if
#if FirstVersion
_id = "ECABAFD2-7F19-11D2-978E-0000F8757E2A"
#else
_id = "ECABAFD2-7F19-11D2-978E-0000F8757E2B"
#endif
Затем вы можете использовать командную строку для компиляции установки директивы или установки новой конфигурации, которую вы можете переключать.
Что касается одновременной сборки VS, я бы предложил для этого скрипт или внешний инструмент сборки, такой как Nant.