Вы должны настроить его в application.conf
# Specify the ddl generation pattern to use. Set to none to disable it
# (default to update in DEV mode, and none in PROD mode):
# jpa.ddl=update
Обновление
сделает работу, но будьте осторожны. Он отлично работает, если вы добавляете столбец или таблицу, но не более.