Временная таблица, содержащая идентификаторы 100 тыс., Кажется хорошим решением. Не вставляйте их один за другим, хотя; Синтаксис INSERT ... VALUES в MySQL допускает вставку нескольких строк.
Кстати, где вы берете свои 100k идентификаторов, если они не из базы данных? Если они приходят из предыдущего запроса, я бы предложил заполнить временную таблицу.
Редактировать: для более переносимого способа множественной вставки:
INSERT INTO mytable (col1, col2) SELECT 'foo', 0 UNION SELECT 'bar', 1