Либо дайте каждому из элементов класс (или дополнительный класс):
$('.someNewClass').animate({opacity:0.2},1000);
Или поместите все ваши элементы в один селектор, разделенные запятыми.
$("#nav,#sub_nav,#user_links,#logo,.top_buttons,.pageheaders,.heading_sub_text,#copyright,#footer_links").animate({opacity:0.2},1000);
Иликомбинация двух, добавление класса только тех, которые в настоящее время не имеют класса.
// These get .someNewClass: #nav,#sub_nav,#user_links,#logo,#copyright,#footer_links
$(".someNewClass,.top_buttons,.pageheaders,.heading_sub_text").animate({opacity:0.2},1000);