Если вы хотите удалить некоторые библиотеки Python, перейдите в / site-packages или / dist-packages, найдите этот модуль (один файл) или пакет (каталог) или файл egg (посмотрите на расширение) и удалите его.
Если вы хотите удалить приложение и оно у вас внутри проекта, просто удалите каталог приложения, удалите его из настроек и удалите все ссылки на объекты из этого приложения.