Возможно, ваша первая команда mvn возвращает код ошибки.В Windows cmd это приведет к тому, что все последующие команды не будут выполняться.Это может быть поведение, которое вы хотите, но вы должны рассмотреть возможность использования * nix-подобной оболочки, а не пакетного файла Windows, поскольку вы уже используете Cygwin.
Например, вы можете поместить обе команды в файл с именем mvncommand
с вашей выбранной оболочкой.
#!/usr/bin/bash
mvn install:install-file -DgroupId=org.openhealthtools.ihe -DartifactId=atna.auditor -Dversion=1.2.0 -Dfile=resources/lib/org.openhealthtools.ihe.atna.auditor_1.2.0.jar -Dpackaging=jar -DgeneratePom=false
mvn install:install-file -DgroupId=org.openhealthtools.ihe -DartifactId=atna.context -Dversion=1.2.0 -Dfile=resources/lib/org.openhealthtools.ihe.atna.context_1.2.0.jar -Dpackaging=jar -DgeneratePom=true