Я думаю, вы можете попробовать использовать плагин builder-helper-maven-plugin, в настоящее время последняя версия - 1.5.
как задокументировано http://docs.codehaus.org/display/SONAR/Analyzing+Java+Projects. Однако, просто измените версию плагина на 1.5 и используйте mvn sonar3: sonar. Самое главное, не забывайте generate-sources , без этого он не будет работать.
Что касается выходного каталога, если вы используете eclipse, вы можете указать выходной каталог для каждого модуля и сделать так, чтобы они указывали на одну и ту же папку. Используйте эту папку в качестве выходного каталога для pom.xml. не забудьте отключить scrub, если используете eclipse.