Многое осталось необъяснимым. Например, исходная и целевая таблицы имеют одинаковую структуру столбцов?
Можете ли вы увидеть обе базы данных с одного и того же SqlConnection (т.е. они находятся на одной машине)? Если это так, вы можете сделать все это одним оператором SQL. Предполагая, что вы хотите скопировать данные из таблицы T1 в базе данных DB1 в таблицу T2 в базе данных DB2, вы должны написать
вставить DB2.dbo.T2 выберите * из DB1.dbo.T1
Исключение при использовании ExecuteNonQuery.
Если для баз данных требуются разные SqlConnections, я бы считывал данные из источника с помощью SqlDataReader и обновлял целевой ряд за строкой. Я думаю, что это будет быстрее, чем использование SqlDataAdapter и DataTable, так как они требуют больше структуры и памяти. Команда Обновить записывает данные построчно в любом событии.