Это предложение из исключений JavaDoc помогает понять, что пошло не так:
Определение класса для поиска существовало, когда выполняемый в данный момент класс был скомпилирован, но определение больше не может быть найдено.
Вы создали приложение на Eclipse без ошибок. Поэтому определение classpath внутри eclipse было достаточно хорошим, чтобы скомпилировать все классы.
Теперь вы экспортируете его, запускаете из затмения и сталкиваетесь с этой ошибкой. Экспортированное приложение больше не использует определение пути к классам eclipse projects. И в настоящее время нет библиотеки, которая содержит gnu.io.SerialPortEventListener
.
Общее решение: исправить проблемы с classpath для экспортированного jar.