Вы можете запустить ваше Java-приложение с правами суперпользователя, а затем присоединить процесс к отладке.
sudo java -jar xxx.jar -vmargs -agentlib:jdwp=transport=dt_socket,server=y,suspend=y,address=8000
присоединить localhost: 8000 для отладки вашего приложения в eclipse