Даже достаточно большие файлы кода могут быть достаточно просты в управлении, если вы правильно их организовали.Вы должны держать свои функции короткими, объединять связанные функции и называть их правильно.
Вам также будет легче управлять, если вы используете IDE с таблицей поиска функций - я использую Netbeans, и слевасо стороны это дает мне панель с быстрыми ссылками на все функции в моем текущем файле.Это также дает мне возможность щелкнуть строку, где вызывается функция, и перейти к объявлению (в любом месте проекта).
С другой стороны, если у вас есть файлы кода длиной в несколько тысяч строк, которые состоят изодной функции, то да, есть вероятность, что ей будет очень трудно управлять, никакая хитрость IDE не поможет.