Когда вы говорите «Настольные приложения», это звучит так, как будто вы спроектировали графический интерфейс с использованием инструментов Netbeans, и сгенерированные файлы Java должны хорошо работать, но вы не сможете редактировать их свободно и ожидать, что Netbeans понравится пересмотренные файлы, когдаимпортируйте их обратно.
ТАК, другими словами, попробуйте и посмотрите, что произойдет.