Нет ничего конкретного, что вы можете сделать, чтобы увидеть все команды, запущенные в Eclipse. Во-первых, нет сопоставления «один к одному» между кодом, выполняемым в Eclipse, и командами java, которые вы можете запускать из командной строки. Таким образом, даже если вы сможете просматривать отдельные команды в vim или Emacs, вы не сможете делать это Eclipse.
Однако есть некоторые вещи, которые могут помочь. Существует средство трассировки платформы, которое выводит некоторые сообщения трассировки на стандартный вывод. Однако это не широко используется за пределами основных проектов Eclipse, поэтому вы не сможете получить полную трассировку по всем командам. Кроме того, это средство не предназначено для общего отслеживания, но на самом деле только для нескольких интересующих вас плагинов. Вы можете найти больше информации об этом здесь:
http://wiki.eclipse.org/FAQ_How_do_I_use_the_platform_debug_tracing_facility%3F
Итак, вам нужно будет создать файл .options в каталоге установки Eclipse со следующим содержимым:
org.eclipse.platform/debug=true
org.eclipse.ui/debug=true
org.eclipse.core.runtime/debug=true
org.eclipse.core.resources/debug=true
org.eclipse.core.commands/debug=true
org.eclipse.core.filesystem/debug=true
org.eclipse.core.jobs/debug=true
Это несколько низкоуровневых плагинов Eclipse, которые, скорее всего, будут содержать некоторую информацию о трассировке. Однако, не зная больше о том, что вы пытаетесь сделать, трудно порекомендовать конкретные плагины для отслеживания.