Ваш
SELECT * FROM [table] WHERE timestamp > last_backup_time
пропустит УДАЛЕННЫЕ строки.
Что вы, вероятно, хотите сделать, это использовать репликацию MySQL через USB-накопитель. То есть, включите binlog на ваших исходных серверах и убедитесь, что binlog не выбрасывается автоматически. Скопируйте файлы binlog на USB-накопитель, затем PURGE MASTER LOGS TO ..., чтобы стереть их на исходном сервере.
На сервере агрегации с помощью команды mysqlbinlog включите binlog в исполняемый скрипт, а затем импортируйте эти данные в виде скрипта SQL.
Сервер агрегации должен иметь копию каждой базы данных исходных серверов, но может иметь ее под другим именем схемы, если ваш SQL все использует неквалифицированные имена таблиц (никогда не использует синтаксис schema.table для ссылки на таблицу) , Импорт сгенерированного сценария mysqlbinlog (с префиксом правильной команды USE) будет затем отражать изменения исходных серверов на сервере агрегации.
Агрегирование по всем базам данных можно затем выполнить с использованием полных имен таблиц (т. Е. С использованием синтаксиса schema.table в операторах JOINs или INSERT ... SELECT).