Вы должны создать приложение starter , написанное либо в .Net 2.0, либо в качестве неуправляемого приложения (для покрытия, если версия .Net вообще не установлена) и запустить его сначала, а затем, если .Net3.5 установлен, он запустит реальное приложение, в противном случае он покажет приятное сообщение об ошибке.
Однако, еще лучшим решением будет установить установщик .Net 3.5, так что вы не будетенадо беспокоиться об этом (но это, очевидно, не сработает для развертывания XCopy и т. д.).